La sua carriera da calciatore è breve e non certo straordinaria. All’Audace si presenta da Pulcino, vuole fare il portiere. Il preparatore, il mitico Beppo Zoppei, lo allena cinque minuti e poi gli dà un calcetto sul sedere dicendogli: «Non sei portato per stare in porta». Gioca da comprimario in prima squadra ai tempi d’oro della C, poi , fa ritorno al suo vecchio team ed ha modo d'esordire in prima squadra.

Dopo aver vinto un campionato di Serie D, decide, ad appena 23 anni, di ritirarsi dalla carriera calcistica.

Ha iniziato guidando il Chievo Verona in Serie C1 nel 1993 portandolo subito alla promozione in Serie B.
Dopo tre buone stagione fra i cadetti nel 1997 è stato chiamato alla guida della Fiorentina con cui ha ben figurato, prima di passare al Parma con cui ha vinto nel 1999 la Coppa Italia, la Supercoppa Italiana ma soprattutto la Coppa UEFA.
Dopo l'avventura con gli emiliani, Malesani ha allenato l'Hellas Verona, il Modena e il Panathinaikos.

A seguito di alcuni mesi di inattività, nel gennaio 2007 viene chiamato alla guida dell'Udinese, al posto dell'esonerato Giovanni Galeone.La sua esperienza con il club termina a campionato finito.
A novembre 2007 viene chiamato alla guida dell'Empoli in sostituzione di Luigi Cagni, che per la prima volta aveva portato i toscani in Europa, ma che ha pagato un inizio di campionato non facile nella stagione 2007-2008.

Caratteristico il suo stile sportivo: è uno tra i pochi allenatori che si presenta in panchina con la tuta. Famoso anche per i suoi festeggiamenti dopo i gol delle sue squadre non certo contenuti.